Vamos direto ao ponto, um site não tem de certo modo uma inteligência, como por exemplo uma aplicação web criada em PHP.
Um site em si é como um livro digital, onde visualizamos suas paginas, e o Javascript onde fica nisso tudo ?, ele pode ser usado para dar uma certa interatividade ao site, agora com o uso do PHP, o seu maior uso e para fazer a conexão com um banco de dados.
Lá pelos anos de 1999, não tínhamos plataformas para ajudar a fazer site, logo era tudo de forma manual por assim dizer - botões, links, animações e outros itens do site eram feitas assim.
Logo, na minha visão uma aplicação web é a junção de um site com uma união de um linguagem de programação como o PHP.
